O Programa LBA é gerenciado pelo MCTI e coordenado pelo Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia/INPA. Nestes 25 anos de pesquisa, o programa teve importante papel na formação de recursos humanos formando mais de 850 mestres e doutores brasileiros. Mais de 150 pesquisas da chamada "ciência de ponta", em parcerias com cerca de 280 instituições nacionais e estrangeiras, realizadas por 1400 cientistas brasileiros e outros 900 pesquisadores de países amazônicos, de 8 nações europeias e de instituições americanas, visaram estudar e entender as mudanças climáticas e ambientais em curso, para favorecer um processo de desenvolvimento sustentável na Amazônia. 

A publicação dos resultados de pesquisa faz parte da história de sucesso do LBA. São mais de 2470 artigos em periódicos especializados, além de um grande número de livros e capítulos de livros e de mais de 250 artigos em edições especiais dedicadas ao LBA. Os resultados integrados, obtidos pelas diferentes equipes de cientistas, têm permitido entender alguns mecanismos que governam as interações da floresta com a atmosfera, tanto em condições naturais (da floresta intacta) como alteradas. O LBA tem contribuído para melhorar os modelos de previsão climática; medir as emissões de carbono das hidrelétricas na Amazônia e o potencial uso do metano para geração de energia elétrica adicional nas usinas; realizar novas medidas reais de densidade da madeira no sul da Amazônia, mostrando que biomassa acumulada é menor do que em estimativas anteriores.

Hoje o LBA tem um grande desafio nas mãos: ampliar o entendimento sobre o funcionamento dos ecossistemas da região e integrar as dimensões sociais e econômicas às pesquisas ambientais de ponta. Nesta segunda fase, torna-se ainda mais prioritária a construção de pontes para a aplicação dos resultados das pesquisas científicas no desenvolvimento sustentável da Amazônia. Assim, o plano científico atual consolidou as sete áreas iniciais de estudo do Programa em três grandes áreas integradas: a interação biosfera-atmosfera, o ciclo hidrológico e as dimensões sócio-políticas e econômicas das mudanças ambientais.

Agora, três focos de pesquisa aglutinam as principais questões a serem abordadas na segunda fase do programa: o ambiente amazônico em mudança (processos); a sustentabilidade dos serviços ambientais e os sistemas de produção terrestres e aquáticos (consequências), e a variabilidade climática e hidrológica e sua dinâmica: retro-alimentação, mitigação e adaptação (respostas).

Esses esforços de cooperação, articulação e compartilhamento de infra-estrutura buscam responder duas perguntas essenciais e complexas, presentes desde o início do LBA:

 Alguns resultados sobre as pesquisas do LBA:

• A comprovação de que os desflorestamentos e as queimadas aceleram o efeito estufa, alteram o mecanismo da formação de nuvens e, podem modificar o regime e a distribuição das chuvas na Amazônia e em outras partes do país ou mesmo do continente;
• As evidências de uma forte relação entre a formação de nuvens na Amazônia e a ocorrência e distribuição de chuvas no Sudeste e Sul do Brasil;
• A verificação de que as taxas de fixação de carbono e de crescimento variam regionalmente dentro da Amazônia;
• A observação de que a radiação solar para fotossíntese das plantas pode ser reduzida  em até 60%, em algumas áreas da Amazônia, devido à fumaça das queimadas;
• A comprovação experimental de que áreas abandonadas e/ou degradadas após uso como pastagens ou cultivos agrícolas, podem ser recuperadas, voltar a ser produtivas e prestar serviços ambientais ecossistêmicos;
• O desenvolvimento e a criação de sistemas avançados de detecção de desflorestamentos e queimadas por imagens de satélite,  em tempo quase real, o que permitiria prontas ações de fiscalização e controle do desmatamento;
• A comprovação do papel que o ambiente aquático tem na ciclagem de carbono na Amazônia.